30.04.1992 gün ve 3797 sayılı Millî Eğitim Bakanlığının Teşkilat ve Görevleri hakkındaki Kanunla "Yükseköğretim Genel Müdürlüğü", "Dış ilişkiler Genel Müdürlüğü" ve "Yurtdışı Eğitimi Genel Müdürlüğü"  birbirinden ayrı müstakil üç genel müdürlük olarak yapılandırılmıştır.

14 Eylül 2011 tarihli ve 28054 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanarak yürürlüğe giren 652 sayılı Millî Eğitim Bakanlığının Teşkilat ve Görevleri Hakkında Kanun Hükmünde Kararnamede yapılan yeni düzenleme ile Bakanlık merkez teşkilat yapısı yeniden yapılandırılmış Yükseköğretim Genel Müdürlüğünün iş ve işlemleri Ortaöğretim Genel Müdürlüğüne; Yurtdışı Eğitim Genel Müdürlüğünün iş ve işlemleri de Avrupa Birliği ve Dış İlişkiler Genel Müdürlüğü uhdesine verilmiştir.

    14 Mart 2014 tarihli ve 28941 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanarak yürürlüğe giren 652 sayılı Milli Eğitim Bakanlığının Teşkilat ve Görevleri Hakkında Kanun Hakkında Kararnamede değişiklik yapan 6528 sayılı "Milli Eğitim Temel Kanunu ile Bazı Kanun ve Kanun Hükmünde Kararnamelerde Değişiklik yapılmasına Dair Kanun" ile Bakanlık merkez teşkilatı yeniden yapılandırılmıştır. 

    Bu kapsamda, Bakanlık merkez teşkilatında yeni hizmet birimleri oluşturulmuş ve bu birimlerin görev alanları belirlenmiştir. 652 sayılı KHK ile kurulmuş olan birimlerden bazılarının yerine getirmekte olduğu görev ve yetkiler, 6528 sayılı Kanun ile oluşturulan yeni birimlere verilmiştir. Bu Kanun ile (Ek: 1/3/2014-6528/15 md.) "Yükseköğretim ve Yurt Dışı Eğitim Genel Müdürlüğü" kurulmuş olup bu tarihe kadar "Ortaöğretim Genel Müdürlüğü" uhdesinde bulunan yükseköğretim iş ve işlemleri ile "Avrupa Birliği ve Dış İlişkiler Genel Müdürlüğü" uhdesindeki yurt dışı eğitim iş ve işlemleri Genel Müdürlüğümüze tevdi edilmiştir.