Yükseköğretim Daire Başkanlığının görevleri şunlardır:
a) Yükseköğretime giriş sistemine ilişkin usul ve esasların belirlenmesinde ilgili birim, kurum ve kuruluşlarla iş birliği yapmak,
b) 2547 sayılı Yükseköğretim Kanunu ile Bakanlığa verilen iş ve işlemleri yürütmek,
c) Yükseköğretim Kurulu Başkanlığından gönderilen ihalelerden geçici yasaklama teklifleriyle ilgili iş ve işlemleri yürütmek,
ç) Devlet konservatuvarında sözleşmeli olarak çalıştırılan sanatçı öğretim elemanlarına teşvik ikramiyesi ödenmesine ilişkin iş ve işlemleri yürütmek,
d) Üniversitelerde görev yapan personelin bilimsel nitelikli toplantılara katılabilmesi ve katılım bedelinin ödenebilmesine dair üniversitelere yetki verilmesine yönelik iş ve işlemleri yürütmek,
e) Üniversitelerin kiraya verilecek taşınır ve taşınmaz mallarına, üniversitelerce ihtiyaç duyulan tesislerinin yapımına, üniversitelere taşıt alım-satımı için izin verilmesine, araçlara sivil plaka tahsis edilmesine ve kamu yararı kararı alınmasına yönelik iş ve işlemleri yürütmek,
f) Üniversite bünyesindeki devlet konservatuvarı okullarının açılma ve kapatılma iş ve işlemleri ile öğrencilerinin e-Okulla ilgili taleplerine yönelik iş ve işlemleri yürütmek,
g) Galatasaray Üniversitesi Rektörlüğünden gelen öğretmen ve yönetici atama tekliflerini değerlendirerek Personel Genel Müdürlüğüne göndermek,
ğ) Planlama ve Öğrenci İşleri Daire Başkanlığı tarafından hakkında tazminat takibatına geçilmesine karar verilen kişilere ve kefillerine borç bildiriminde bulunmak, öğrenim masraflarının ilgili mevzuat doğrultusunda tahsil edilmesine yönelik diğer iş ve işlemleri yürütmek,
h) Tazminatlı durumda olan kişilere yapılan borç bildirimlerine rağmen borcun ödenmemesi hâlinde alacağın dava yoluyla ilgililerden tahsili için gerekli bilgi ve belgeleri Hukuk Hizmetleri Genel Müdürlüğüne göndermek,
ı) Hakkında tazminat takibatı yürütülenlerin para borçlarının mecburi hizmete dönüştürülmesine yönelik iş ve işlemleri yürütmek,
i) Borcu olanlar hariç tazminattan görev alıp mecburi hizmetini ifa edeceklerin dosyalarını Planlama ve Öğrenci İşleri Daire Başkanlığına devretmek,
j) Tazminatlı durumda olup anapara ve faiz borcunu ödeyen kişilerin dosyalarını kapatmak ve ilgili kişi/kurumlara bildirmek,
k) Tazminatlı durumda olan kişilerin vize statülerinin değiştirilmesi taleplerine yönelik iş ve işlemleri yürütmek,
l) Görev alanı ile ilgili bilgileri REBUS'a işlemek, güncel tutmak ve REBUS'ta ihtiyaç duyulan iyileştirme, geliştirme çalışmalarını ilgili birimler ile koordineli olarak yürütmek,
m) Genel Müdür tarafından verilen diğer görevleri yapmak.